歴史年表
- 886年（仁和2年）
- 開祖聞鏡上人、光孝天皇の勅命により上野山福祥寺を建立。
- 887年（仁和3年）
- 在原行平公、須磨に配流（松風村雨の物語）と伝えられている。
- 1169年（嘉応元年）
- 源頼政寺領三カ所を寄進。聖観世音菩薩・薬師如来を本尊として、房舎十二宇あり。
- 1183年～（寿永2年）
- 源平の乱で縁起・記録類散逸。
- 1184年（寿永3年）
- 一ノ谷の合戦 平敦盛卿はじめ源平の武者戦死。
- 1222年（貞応元年）
- 薬師仏を須磨村に付与(薬師寺)。
- 1360年（延文5年）
- 金堂・釈迦堂・鐘楼、33体の仏像の半分、経典、法具が大火によって消失。
- 1365年（貞治4年）
- 再建始まる。これより約50年かけて宮殿(国重要文化財)等の造営、整備が行われる。
- 1371年（応安4年）
- 観阿弥により勧進猿楽行われる。
- 1427年（応永34年）
- 赤松氏を討った細川氏の侵攻により、本堂・惣門を残し境内破壊される。が、翌年より復旧始まる。
- 1490年（延徳2年）
- 三重塔、造営される。
- 1496年（明応7年）
- 塔頭、大聖院住持沙門弘源再建のために勧進を行う。
勧進沙門 - 1502年（文亀2年）
- 寺山をめぐる争いで代官により、境内破壊される。
- 1526年（大永6年）
- 講堂を上棟。本尊、敦盛絵像、青葉の笛を展観。(敦盛ゆかりの寺として有名になっていた。)いつの頃からか、青葉の笛を公開し、笛見料を集める。
- 1596年（文禄5年）
- 大地震により、本堂など倒壊。
- 1602年（慶長7年）
- 豊臣秀頼公、片桐且元公により再興。慶長期には、花巌院、宝生坊、正堂坊、大聖院など15の塔頭があった。現本堂完成。
紙本著色参詣曼陀羅図（桃山時代） 参詣人で賑わう寺の景観を画面いっぱいに描き、上方の左右に日輪・月輪を配する参詣曼陀羅の一種である。須磨寺は、庶民信仰の寺であり、文禄5年（1596）の大地震の時には西国巡礼の150人もが通夜していた。本図にも公家らしい風体の者、武士、巡礼人、琵琶法師など多数の人々が描かれている。本図には前述の大地震で倒壊した三重塔が描かれていることなどから、文禄年間頃までの景観を描いたものと考えられる。
境内絵図は須磨寺と周辺部を俯瞰（ふかん）的に描いたもので、12の子院、子坊がみえる。寛政12年（1800）の西須磨村明細帳写には12坊とあり、この絵図はその頃の景観を描いたものであろうか。
寺務所・納経所改修
頼政薬師寺再建